Este yacimiento, descubierto en 1920, está situado en el Paseo de la Viregen del Puerto, próximo al Estadio Vicente Calderón. Las excavaciones sistemáticas realizadas durante las obras de la M-30 han permitido ampliar la extensión del yacimiento y recuperar más de mil restos de fósiles de mastodontes, jabalíes, cervoideos, caballos, bóvidos y carnívoros de hace 16 millones de años. El estado de conservación de los fósiles es bueno e incluso se han conservado algunos huesos en conexión anatómica. La especie mejor representada es la de mastodonte Gomphotherium angustidens, de la que se han localizado numerosos molares y elementos del esqueleto.

El paisaje del yacimiento sería una zona de aguas profundas bajo un clima cálido. En periodos de sequía las zonas encharcadas sufrirían una desecación, siendo colonizadas por la vegetación. Asociados a las lagunas más permanentes se localizarían bosques en galería, que pasarían a bosques abiertos con la distancia. La Hidroeléctrica se encontraría en una zona de borde de laguna, coexistiendo especies adaptadas a bosques densos con otras de medios más abiertos.

Lista faunística preliminar del yacimiento y características de la fauna:

• Mastodonte (Gomphotherium angustidens): similar en tamaño al elefante asiático actual, de cráneo y mandíbulas muy alargadas. Con cuatro defensas, las superiores curvadas hacia abajo y las inferiores a modo de cuchara que utilizaría para excavar en el suelo en busca de raíces y tubérculos.
• Cervoideo (Triceromeryx pachecoi): de aspecto parecido a los okapis, con dos protuberancias óseas frontales similares a las de las jirafas (osicono) y otra occipital bifurcada (es el único animal fósil o actual que la tiene).
• Jabalí primitivo (Bunolistriodon lockharti): de tamaño similar a los jabalíes europeos actuales. Los machos presentan caninos muy desarrollados y curvados.
• Ciervo ratón (Tragulidae): pequeño rumiante sin cuernos, con dos grandes caninos superiores en forma de daga en los machos y dentición de coronas bajas, apta para la alimentación a base de vegetales blandos.
• Caballo primitivo (Anchitherium sp.): caballo pequeño similar a un poney, con cuerpo muy voluminoso y extremidades cortas y robustas. Tiene tres dedos en cada pata, dos de ellos reducidos pero aún en contacto con el suelo.
• Carnívoro de talla grande: perteneciente a una forma semejante en tamaño al Hemicyon sp. (oso primitivo) o al Amphicyon major (entre oso y lobo, del tamaño de un león).

Descubierto durante la construcción de los túneles que atraviesan la Casa de Campo, este yacimiento de vertebrados del Mioceno medio, se ha excavado tanto en el interior de los túneles como en superficie, quedando preservadas extensas areas para futuras investigaciones. Se han obtenido más de 1.500 restos fósiles pertenecientes a rinocerontes, mastodontes, cérvidos, bóvidos, javalíes, tortugas y carnívoros, que frecuentaban espacios abiertos y secos, con clima cálido, donde abundaba la vegetación, y por donde discurrían cursos fluviales en ocasiones muy rápidos, que desarticularon los esqueletos, fracturando y transportando los huesos. Los fósiles presentan un buen estado de conservación y, aunque muchos de ellos están fracturados, también se han encontrado huesos completos como un húmero del rinoceronte Hispanotherium matritense, de notable tamaño.

Hace unos 100.000 años, al final del periodo Pleistoceno, el río Manzanares, más caudaloso, discurría a 18 metros por encima del nivel actual. En esa época, con un clima cálido y más húmedo, el río dejó una extensa llanura aluvial que favoreció una abundante vegetación y constituyó un foco de atracción para los numerosos animales que por entonces frecuentaban nuestro valle. Al igual que los herbívoros y sus predadores, los homínidos -probablemente neandertales- también ocuparon estacionalmente esta zona atraídos por los variados recursos que constituían su subsistencia: la caza o el aprovechamiento de los animales, la recolección de vegetales y frutos o la obtención de materias primas para elaborar sus herramientas. Los procesos de enterramiento del río han preservado algunas evidencias de la ocupación humana y abundantes restos de la fauna que habitó el valle en este periodo. La excavación arqueológica ha permitido recuperar más de 1.500 restos líticos de sílex y cuarcita, empleados como herramientas para cortar, raspar o descuartizar animales de diferentes especies: caballos, elefantes, toros, ciervos y otros mamíferos de pequeño y mediano tamaño. Las escasas marcas de cortes observadas en los huesos de algunos de estos animales sugieren una actividad humana limitada, y la posibilidad de que muchas de estas acumulaciones tuvieran un origen natural. El análisis arqueológico de estos restos permitirá reconstruir algunas de las actividades realizadas, así como el medio y el paisaje durante el Paleolítico en la Comunidad de Madrid.

Hace unos 120.000 años, el valle del río Manzanares era diferente al que conocemos: los relieves de las márgenes del valle, colonizados por manchas boscosas, no eran tan acentuados como lo son ahora. El fondo del valle lo constituía una amplia vega situada a unos 18 metros por encima del la actual, por la que discurría el río, más caudaloso que en la actualidad, con inundaciones periódicas. La asociación de animales del yacimiento de Butarque es muy variada. Están representadas sobre todo por especies de herbívoros a excepción del lobo. El clima sería templado, similar al de tipo mediterráneo.

Cráneo de Uro (Bos primigenius): el resto fue encontrado durante las obras de remodelación de la M-30 en el enlace de O'Donnell en sedimento del Arroyo Abroñigal datados entre los 16.900 y los 12.300 años (Pleistoceno superior). Destaca su buen estado de conservación a pesar de que le faltan los dientes. La anchura entre las puntas es de 70 cm.