En 1899 obtuvo una cátedra de Instituto de Segunda Enseñanza que le llevó a Córdoba en donde empezó a desarrollar su vocación paleontológica con una serie de studios sobre Sierra Morena y en la cuenca del Guadalquivir ese mismo año es nombrado miembro de la Academia de Ciencias, Letras y Artes de Córdoba y descubre el yacimiento de arqueociatos de Las Ermitas.
En 1907 la Real Sociedad Española de Historia Natural le envía a una expedición a las Islas Canarias orientales para estudiar la vulcanología de Lanzarote.
En 1910 obtuvo la cátedra de Geología de la Universidad de Madrid, cargo que llevaba consigo la jefatura de la Sección de Geología y Paleontología estratigráfica del Museo de Ciencias Naturales, en este mismo año de 1910 es becado por la Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (J.A.E.), para realizar estudios, en Francia, Bélgica, Suiza e Italia.
En 1912 se creó la Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas con sede en el actual Museo Nacional de Ciencias Naturales de Madrid .donde tanto D. Eduardo Hernández-Pacheco como D. Enrique de Aguilera y Gamboa, desarrollaron una ingente labor publicando gran numero de articulos.
En 1926 participó activamente en el XIVo Congreso Geológico Internacional, celebrado en Madrid, como vocal de la Comisión organizadora, en la que se editó un libro de sintésis sobre Sierra Morena y la llanura del Guadalquivir.
En 1934 es nombrado Jefe de la Expedición a Ifni publicando sus resultados en la Real Sociedad Geográfica de Madrid.
Entre 1940 y 1941, realizó varias expediciones a los territorios españoles en África.
Falleció en Alcuéscar, provincia de Cáceres, en 1965.
Eduardo Hernández-Pacheco, siguiendo a sus maestros mantuvo una permanente inquietud científica que le llevó a trabajar en diferentes áreas y a buscar la síntesis y la visión de conjunto. Publicó gran cantidad de trabajos sobre Historia Natural, aunque la mayor parte fueron sobre geología, prehistoria y paleontología. La importancia de sus trabajos en cada una de estas disciplinas hace que se le pueda considerar tanto paleontólogo como geólogo o geógrafo dada la cantidad pero sobre todo la calidad de sus trabajos en estos campos. Sus primeras publicaciones paleontológicas se centran en invertebrados (arqueociatos) e icnofósiles paleozoicos, para pasar posteriormente al estudio de vertebrados terciarios, campo en el que centraría la mayor parte de su actividad paleontológica, destacando sus estudios sobre yacimientos de mamíferos y grandes tortugas terrestres del terciario encontrados en las dos Castillas, Madrid y Teuel y la datación de estos, Entre sus reconocimientos cabe destacar que en 1938 fue nombrado Académico del Instituto de España y en 1952 Doctor honoris causa por la Universidad de Toulouse (Francia).
Bibliografia
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Hernández Pacheco, E. 1930. Un suido y un nuevo cérvido del yacimiento paleontológico de Concud. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural.
En el ambiente de la Sociedad Española de Historia Natural y de la Institución Libre de Enseñanza será pues donde se forme el espíritu científico de Eduardo Hernández-Pacheco. Y en el entorno institucional de la Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas fructificará su carrera (Real Sociedad Española de Historia Natural, 1954, Portela, 1983). La Junta se creó en 1907 como un organismo estatal, pero inspirado en los planteamientos de fomento de la ciencia desarrollados por la Institución. El Museo de Ciencias Naturales, que llevaba una vida lángida, se integra en la Junta, en cuyo marco será el principal centro de investigación naturalista y florecerá científicamente. Hernández-Pacheco, que había ganado en 1899 el puesto de Catedrático de Historia Natural del Instituto de Segunda Enseñanza de Córdoba, se incorpora rápidamente al impulso auspiciado por la Junta y el Museo. Ya en 1907 se le comisiona para trabajar en el Museo y para realizar investigaciones en Canarias. Y en 1910 gana la Cátedra de Geología Geognóstica y Estratigráfica de la Facultad de Ciencias de la Universidad Central, en Madrid, y con ella accede a la jefatura de la Sección de Geología y Paleontología Estratigráfica del Museo de Ciencias Naturales. En 1912 la Junta crea, vinculada al Museo, una Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas, de la que se nombra Director al marqués de Cerralbo y a él Jefe de Trabajos. Tras el fallecimiento del primero en 1922, Hernández-Pacheco será desde 1923 Director de la Comisión, la cual trocó su nombre en 1934 por el de Comisión de Investigaciones Geográficas, Geológicas y Prehistóricas quedando así plenamente identificada con la orientación de todo el amplio conjunto de sus intereses científicos. Además, en 1923 acumuló a la de Geología la Catedra de Geografía Física de la Facultad de Ciencias.
La preeminencia de Hernández-Pacheco en la ciencia oficial de su época es evidente. La diversidad de puestos y líneas de trabajo requirió obviamente la colaboración de colegas y discípulos, entre ellos su hijo Francisco Hernández-Pacheco de la Cuesta. Pero su movilidad y su capacidad de trabajo resultan, evaluadas retrospectivamente, asombrosas. Su actividad le llevó continuamente al campo y a expediciones que abarcaron toda la Península, las Canarias y el norte de África. Traspasando los límites académicos de la ciencia buscó activamente la participación en otras empresas, entre las cuales destaca la política de conservación de la naturaleza. A ella se incorpora en 1917, cuando, tras la promulgación en 1916 de la Ley de Parques Nacionales impulsada por Pedro Pidal, se crea la Junta Central de Parques Nacionales y se nombra Vocal a Hernández-Pacheco, en representación de la Universidad Central. Su capacidad de influencia parece aumentar en los años de la República, cuando forma parte de organismos como el Patronato Nacional de Turismo, el Patronato del Museo del Pueblo o el Consejo Nacional de Cultura. Aunque por su formación y su ambiente Hernández-Pacheco se situaba en la tradición del liberalismo progresista, que era la de la mayoría de los hombres de la Institución y la Junta, fue durante el bienio republicano de gobierno derechista cuando se detecta la máxima cercanía al poder político. En efecto, durante los gobiernos de radicales y cedistas que se sucedieron durante 1934 y 1935 Hernández-Pacheco parece moverse en una especial proximidad, cabe suponer que con el Partido Republicano Radical de Alejandro Lerroux. En 1934, siendo Lerroux Presidente del Gobierno, un decreto del Ministerio de Agricultura reorganizó la política conservacionista, regulando una nueva Comisaría de Parques Nacionales y prestando especial atención a aquellos aspectos que más interesaban a Hernández-Pacheco. Y, cuando en el mismo año se produzca la ocupación española del territorio africano de Ifni y el Gobierno organice una expedición científica, se le encomendará a Hernández-Pacheco la jefatura de esta misión oficial.
La guerra civil destruirá gran parte de la obra de la Junta para Ampliación de Estudios y, a su término, muchos de los científicos vinculados al Museo Nacional de Ciencias Naturales partirán al exilio o sufrirán la represión. Hernández-Pacheco, a pesar de su presumible filiación republicana, queda alineado en el bando franquista y, en el depauperado panorama científico de la posguerra, recibe las más altas consideraciones como una de las pocas figuras de talla que podían encabezar la ciencia oficial de aquella España. Aún tendrá tiempo de realizar algunas contribuciones y, sobre todo, de elaborar amplias obras de recopilación y síntesis. No así en la política de conservación, en la que las nuevas estructuras administrativas no establecerán cauces de participación para la universidad ni ninguna otra instancia académica o cívica.
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